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            當分子蒸餾器的液體混合物沿著加熱板流動並被加熱時，輕分子和重分子將從液體表麵逸出並進入氣相。由於輕、重分子自由程不同，不同物質分子在離開液麵後的移動距離不同。如果可以適當地設置冷凝板，則輕分子到達冷凝板。冷凝排出，而重分子不到達冷凝板。這樣，就達到了材料分離的目的。沸騰膜與冷凝表麵之間的壓力差是蒸汽流動方向的驅動力，而小的壓降將導致蒸汽流動。低於1MbR的操作需要在沸騰表麵和冷凝表麵之間很短的距離。基於這一原理的蒸餾器稱為短距離蒸餾。短距離蒸餾（分子蒸餾）具有與加熱表麵相對的內部冷凝器，並將操作壓力降低到0.00毫巴。短程蒸餾是在1～0.11MPar壓力下進行熱分離的過程。它的低沸點溫度非常適合熱敏性和高沸點。基本部件是帶有加熱套、轉子和內冷凝器的圓柱形氣缸，刮板和防濺裝置安裝在轉子的固定齒條上。內部冷凝器位於蒸發器的中心，轉子在圓柱形汽缸和冷凝器之間旋轉。

          分子蒸餾器是在高真空下蒸餾的一種方法。蒸汽分子的平均自由程大於蒸發表麵與冷凝表麵之間的距離。因此，液體中各組分的蒸發速率的差異可以用來分離液體混合物。在一定的溫度下，氣體分子的壓力和平均值越低。自由之旅越大。當蒸發空間的壓力非常低（10-2～10-4毫米汞柱），冷凝表麵接近蒸發表麵時，蒸發表麵之間的垂直距離小於氣體分子的平均自由程，和蒸發的汽化蒸氣分子。表麵不能與其他分子發生碰撞，直接到達冷凝表麵並冷凝。